STS/EST: Картирование
Существуют две принципиально различные группы методов картирования - основанные на анализе непосредственно геномной ДНК и анализе клонированной ДНК.
К методам анализа геномной ДНК относятся различные подходы к гибридизации in situ и методы построения макрорестриктных карт. Такие методы достаточно трудоемки и малопроизводительны. Другим их недостатком является относительно низкое разрешение получаемых карт при использовании рутинных методик (порядка нескольких сотен килобаз). Достоинством их является то, что обычно не требуется проводить значительную предварительную работу по подготовке экспериментального материала (т.е. того, который и будет анализироваться при картировании).
Построение физических карт методом анализа клонированной ДНК требует проведения предварительной работы по клонированию исследуемого участка генома и построению карты перекрывающихся клонов, покрывающих данный участок в достаточной степени. Но результатом такой работы является получение экспериментального материала, позволяющего быстро строить сколь угодно детальные физические карты. При этом значительно облегчается решение проблемы стандартизации - современные методы создания и распространения ранжированных библиотек имеют высокую производительность и позволяют организовать массовое производство и распространение полученных библиотек.
