Рис 5. Активный центр и мотив узнавания Rad50cd
(А) Стереоизображение активного центра Rad50cd при разрешении в 2,5 A для модели Fo-Fc с недостаточностью электронной плотности AMP-PNP в 2 сигма. Подвижность аденина установлена по трем водородным связям к Glu- 60, Thr-62 и Val-64 главной цепи (прерывистые линии). Два наиболее консервативных остатка мотива узнавания (желтым), Ser-793 и Gly-795, соединены водородной связью с гамма-фосфатом противоположной молекулы (коричневым/зеленым). Потенциально атакующая молекула воды (красная область W1) располагается между Gln-140, Tyr-827 и His-855. Две дополнительные молекулы воды (W2 и W3) дополняют координационное число иона активного центра Mg2+ (синяя область).
(В) Мотивы связывания иона Mg2+ (синим) и фосфата (белым) (обозначены согласно Рисунку 3). Glu-140 связывает как Mg2+, так и атакующую молекулу воды (W1) и может связывать катализ с внешними сигналами (стрелка).
