Рис 2 traf Структурные особенности комплекса TRADD-N/TRAF2.
Двойные поверхности взаимодействия, образуемые соседними областями белков. Структура TRADD-N показана в той же ориентации, что и обозначенный пурпурным TRADD-N, тогда как TRAF-домен TRAF2 повернут на 180 градусов вдоль вертикальной оси относительно "голубого" промотора на Рисунке 1B. Изображения поверхностей окрашены в соответствии с их электростатическими потенциалами. На изображениях в форме ленты красный цвет имеют остатки, участвующие во взаимодействии. (B), (C) и (E) повернуты приблизительно на 90 градусов вдоль вертикальной оси относительно (A), а (D) имеет ориентацию, аналогичную (A). TRADD-N обозначен пурпурным, а TRAF-домен TRAF2 - голубым. У шаростержневых же моделей все боковые цепи атомов углерода обозначены жельым для TRADD-N и серым - для TRAF-домена TRAF2. Стандартное цветовое обозначение и у других атомов. Молекулы воды изображены как шарики красного цвета. Характерные участки TRADD-N обозначены пурпурным, а таковые TRAF-домена TRAF2 - голубым. (В) Пространственное представление комплекса. Показаны избранные боковые цепи и молекулы воды. Выделены приблизительные локализации расширений (C), (D) и (E). (C) Детальное рассмотрение нижней части взаимодействующей поверхности (область I), верхней части взаимодействующей посверхности (область II), показаны полярные взаимодействия. Поверхность взаимодействия представлена шаростержневой моделью. Часть главной цепи, не вовлеченная в полярные взаимодействия, показана с помощью Cальфа. Потенциальные водородные связи и солевые мостики представлены желтой пунктирной линией. Остатки 145-147 TRADD образуют антипараллельные водородные связи главной цепи с остатками 448- 450 TRAF2 в соединении между бета6 и бета7. Многие водородные связи и солевые мостики боковой цепи выходят на поверхности взаимодействия при участии двойных водородных связей между гуанидиновой группой R146 ТRADD и карбоксильной группой D445 TRAF2. (E) Подробности опосредуемых молекулами воды взаимодействий вблизи центра контактирующей поверхности. Большинство этих взаимодействий находятся между заряженными атомами полярной боковой цепи TRADD, и атомами полярной боковой цепи TRAF2 на границе бета-сэндвича. В дополнение к установлению мостиков взаимодействующей поверхности TRADD-TRAF2, молекулы воды обеспечивают также гидратацию полярных и заряженных атомов по соседству.
