MMP: пространственная структура
В 1994 г. была получена кристаллическая структура каталитического домена интерстициальной коллагеназы - ММP-1 [ Lovejoy B., Cleasby A., ea., 1994 , Spurlino J.C., Smallwood A.M., ea., 1994 ] и коллагеназы нейтрофилов - ММP-8 [ Bode W., Reinemer P., ea., 1994 , Reinemer P., Grams F., ea., 1994 ].
В 1995 г. получена кристаллическая структура всей молекулы ММP-1 [ Li J., Brick P., ea., 1995 ].
В 1996-97 гг проведен рентгеноструктурный анализ комплексов каталитических доменов ММP-3 и ММP-8 с ингибиторами [ Gomisruth F.X., Maskos K., ea., 1997 , Betz M., Huxley P., ea., 1997 ].
Рентгеноструктурные исследования [ рис.2 ] N-концевых каталитических доменов интерстициальной коллагеназы и коллагеназы нейтрофилов показали [ Lovejoy B., Cleasby A., ea., 1994 , Spurlino J.C., Smallwood A.M., ea., 1994 , Bode W., Reinemer P., ea., 1994 , Reinemer P., Grams F., ea., 1994 ], что их структуры очень сходны. Из рис.2 видно, что каталитический домен состоит из двух основных участков - "верхнего", представленного пятью (-структурами, и "нижнего", содержащего три ( - цепи, а между ними находится ряд связывающих полипептидных петель.
"Верхняя" часть домена отделена от "нижней" части глубокой щелью, в которой расположен активный центр фермента: три остатка гистидина в положениях 197, 201, 207, связывающие атом цинка, и остаток глутаминовой кислоты 198, участвующий в катализе. Кроме того, в "верхнем" домене находzтся дополнительный атом цинка и два атома кальция, выполняющиt структурную функцию. В положении 215 находится остаток метионина, отвечающий за метиониновый поворот , по присутствию которого в структуре четыре семейства цинковых металлопротеиназ названы метцинкинами [ Bode W., Gomis-Ruth F.X., ea., 1993 , Stocker W., Grams F., ea., 1995 ].
На N-конце активного фермента находится остаток Phe 79 ( по нумерации а. о. в проферменте), который образует солевой мост c Asp 232 , что важно для связывания субстрата.
Рентгеноструктурное исследование полной молекулы ММP-1 показало [ Li J., Brick P., ea., 1995 ], что С-домен фермента состоит из четырех закрученных антипараллельных (-структур, стабилизированных ионом Ca2+, в результате чего формируется четырехлопастная "пропеллерная" структура.
N-Концевой каталитический домен соединен с С- доменом с помощью связывающего участка, богатого пролином и содержащего 17 а. о. Этот участок обеспечивает, по-видимому, подвижность структуры ММP-1 в растворе.
