Поиск гомологии в БД нуклеотидных последовательностей
Поиск гомологии в БД нуклеотидных последовательностей необходим при решении самых разных задач, например:
(1) предсказание функций неизвестных генов;
(2) сравнительное изучение структурно-функциональных особенностей целых геномов, их частей, а также их эволюции.
(3) Предсказание экзон-интронной структуры генов эукариот;
(4) Стыковка и проверка секвенированных фрагментах в проектах по секвенированию. Несмотря на то, что имеются эффективные методы и алгоритмы сравнения пары последовательностей, они недостаточно быстры, чтобы выполнить сравнение между заданной последовательностью и всеми последовательностями БД ввиду большого объема последней. Для поиска гомологии по БД часто применяют методы фильтрации ( Певзнер, 1990 , Brutlag 1990 ), а именно для пары последовательностей предварительно вычисляют некоторую величину, которая могла бы отбросить заведомо негомологичные пары. Для оставшихся пар уже можно было бы выполнить сравнение с помощью какого-либо детального метода. Нами была разработана программа, в которой после предварительной фильтрации вычисляется точечная матрица гомологии, на основании которой делается предварительный или окончательный вывод о наличии гомологии. Указанную выше величину, по которой проводится предварительная фильтрация, можно определять различными способами.
