Точечные матрицы гомологии (ТМГ)
Построение точечной матрицы гомологии является популярным методом сравнения двух нуклеотидных последовательностей. Метод анализа гомологичных участков с помощью точечных матриц гомологии ( Gibbs & McIntyre, 1970 ) заключается в нахождении и отображении на прямоугольной матрице общих для двух последовательностей слов, то есть подпоследовательностей длиной W, в которых совпадает не менее M букв. Параметры W и M называются параметрами фильтрации, а величина W называется размером окна. (Иногда используется несколько отличное определение ТМГ.) Такое построение обладает большой наглядностью, так как гомологичные участки выявляются в виде диагональных линий.( рис 1 bi ) После того как были секвенированы большие геномы и потребовалось их сравнение, время сравнения таких геномов снова стало неприемлемо большим. Для преодоления этого барьера было предложено несколько подходов. ( Mrazek & Kypr J., 1992 ; Леонтович А.М. и др., 1990 ; Harr et al., 1986 , Vincens et al., 1998 , Delcher et.al., 1999 , Schwartz et al., 2000 ).
