Аномальный электрофорез и изгибы ДНК
Известно, что электрофоретическая подвижность молекул ДНК в геле зависит от молекулярной массы, размера и часто использутся для их определения. Однако, определенные фрагменты рестрикции из разных источников ДНК имеют аномальную подвижность в геле, причем их молекулярный вес, определяемый по подвижности не совпадает с фактической величиной, оцененной по нукпеотидной последовательности. Локальные искривления молекул ДНК могут быть одной из причин аномальной подвижности. В мелкопористых гелях (полиакриламид), где молекулы ДНК мигрируют, вытягиваясь цепью вдоль поля, локальный изгиб, дающий уменьшенное расстояние между концами, может вызывать дополнительное трение и приводить к задержке искривленных молекул по сравнению с аналогичными неискривленными. Такое поведение наблюдалось для случая кинетопластной ДНК ( Marini et al, 1982 ).
Использование различных комбинаций эндонуклеаз рестрикции позволяет локализовать сайты в аномально мигрирующих ДНК, ответственных за эту аномалию. Аномально мигрирующие области были точно локализованы внутри последовательностей, представленных на Рис.1 . Эти последовательности из разных источников имеют одну общую черту: присутствие набора из аденинов длиной 3-6 нп, повторяющегося каждые 10-11 пар. Все фрагменты ДНК плазмиды pBR322 с аномальной подвижностью содержат такой же повторяющийся мотив ( Stellwagen N.C., 1983 ). Многие фрагменты миникольцевой кинетопластной ДНК из Trypanosoma brucei аномально подвижны в геле и изучение последовательности ДНК выявляет несколько повторяющихся групп из А трактов Рис 1 .
Итак,первоначально, в процессе изучения электрофоретической подвижности ДНК в растворе были выявлены случаи замедленного движения отдельных фрагментов по сравнению с традиционными маркерами подвижности. Впоследствии были выявлены фрагменты с повышенной подвижностью в геле.
