ДНК изгибы и репликация на примере ori C E.coli
В случае oriC E.coli ( рис 16 ) инициаторным белком служит dnaA , он в количестве приблизительно 20 единиц фермента взаимодействует с сайтом связывания, состоящим из 4 повторов длиной 9 нп каждый, причем часть молекул с повторами сайтов связывания; другая часть, видимо, кооперативно участвует в белок-белковом взаимодействии. Прямые повторы в количестве 3 представлены фрагментами по 13 нп. На активность фермента dnaA сильно влияет присутствие АТФ, ионов Mg. На стадии образования "prepriming" комплекса подключаются белки dnaB (helicase) и dnaC . Этот процесс тоже требует гидролиза АТФ. Процесс кооперативного взаимодействия, видимо, понижает общие энергетические затраты за счет постадийного выплавления каждого из прямых повторов.
Весьма загадочна роль A+T богатого неизогнутого домена ДНК ("antibent"). Одна из версий заключается в том, что последовательности с полиА плохо совмещаются с нуклеосомами и их присутствие препятствует связыванию с гистонами в случае эукариот и с гистоно-подобными белками в случае прокариот. Тем самым они оголяют origin от нуклеосом. Следует подчеркнуть общую консервативность такой схемы организации репликации для ДНК из разных источников широкого круга, в частности, консервативность сайтов связывания с инициаторными белками.
Отметим, что есть примеры более сложного устройства реплисомы, например в ColE1, когда при подключении РНК-полимеразы к ее промотору происходит образование R-петли.
