ДНК изгибы обусловленные A-трактами : направление и величина
Изучением направления изгибов в А-трактах занимались несколько групп исследователей. В частности, Зинкель и Крозерс измеряли направление изгиба в поли(А) относительно изгиба, индуцированного САР белком в ДНК ( Zinkel & Crothers, 1997 ). Они сделали вывод, что макроскопически направление изгиба эквивалентно отклонению оси в сторону узкой бороздки в центре А-тракта при их периодическом повторении, что в рамках модели "junction" (о моделях см.ниже) геометрически соответствует отрицательному значению угла tilt спиральной оси в сторону сахаро-фосфатного остова на 3'-конце А и Т трактов ( Koo & Crothers, 1988 ). Для объяснения данных о неэквивалентности по степени замедления последовательностей (А4Т4N2)n и (Т4А4N2)n пришлось ввести также значительный угол roll на 3' границе Tn, также между Tn и An трактами.
Угол кривизны для блоков из 3 и более А количественно оценили по электродихромным измерениям времен вращательной релаксации в 17 - 19 град. ( Levene et al, 1986 ), по кинетике циклизации в 20 - 22 град. ( Zahn & Blattner, 1987 ), и в 17 - 22,5 град. по кинетике накопления мультимеров, используя компьютерное моделирование ( Koo & Crothers, 1987 ).
