Кооперативный конформационный переход в структуре А-трактов: механизм
Причиной глобального изгиба ДНК (в случие раствора), связанного с А- трактом, авторы ( Diekmann, 1987 ) считают наличие объемной химической группировки при 6 атоме аденина (аминогруппы). Во избежании стерического конфликта из-за этой объемной группировки при следовании друг за другом хотя бы нескольких А происходит деформация спирали, приводящая к изгибу. В пользу этой версии свидетельствует данные об изменении изгиба при увеличении размера объемной группы или его уменьшении. Так, при увеличении объемной группы, связанным с метилированием амино-группы (в экспериментах речь идет о коротких А-трактах или ААТТ последовательностях), происходит усиление изгиба двойной спирали ( Diekmann, 1987 ). Аналогично, в пользу этого объяснения свидетельствует и отсутствие искривленности тракта из инозинов ( Schatzky-Schwartz et al, 1997 ), которые отличаются от аденинов заменой аминогруппы на карбонильную, менее объемную. Для коротких трактов разрешение конфликта пуринов происходит путем деформации спирали в пределах B формы. Для более длинных трактов с целью предотвращения столкновения объемных аминогрупп реализуется вариант кооперативного перехода в В' конформацию.
