Структура ДНК изгибов в растворе по данным ЯМР
Метод ЯМР (использование эффекта Оверхаузера) позволяет проводить оценку расстояний между достаточно близкими протонами, относящимися к нуклеотидам одной или разных нитей. При изучении ДНК в условиях раствора методом ЯМР с привлечением модельных расчетов выяснилось, что узкая бороздка двойной спирали ДНК внутри А-тракта сужается прогрессивно от 5' конца к 3' концу ( Katahira et al, 1988 ; Kintanar et al, 1987 ).
Уточненные модельные расчеты ( Lipanov & Chuprina, 1987 ) свидетельствуют об искривлении ДНК, увеличивающемся также в сторону 3'- конца тракта, в основном, за счет угла tilt . Эти же расчеты свидетельствуют и о наличии двугранного пропеллерного угла (propeller twist ) между плоскостями нуклеотидных оснований комплементарных аденина и тимина. По этим расчетам есть несколько состояний с энергетическими минимумами, для одного из которых значение пропеллерного угла совпадает с данными кристаллографии.
В другой работе, связанной с ЯМР методом, приходят к выводу о существовании " buckle " угла между плоскостями азотистых оснований аденина и тимина ( Ulyanov et al,1993 ) вместо пропеллерного угла в комплементарной AT паре.
При использовании других методов, в частности, при проведении гидроксил радикального расщепления фрагментов кинетопластной ДНК, содержащих полиА, заметно волнообразное изменение его эффективности, детали которого интерпретируются как сужение малой бороздки А-тракта от 5' к 3' концу, причем при переходе к соседней нуклеотидной последовательности (не поли А) происходит восстановление ширины узкой бороздки до средних параметров В формы ( Burkhoff & Tullius, 1987 ) достаточно плавно на протяжении нескольких нуклеотидов.
Понижение частоты расщепления ДНказойI в АТ-богатых областях ( Drew & Travers, 1984 ), ослабление взаимодействия интеркалятора (к примеру, пропидиума) с полиА по сравнению с поли(dА-dТ) ( Wilson et al, 1985 ) также свидетельствует о сужении малой бороздки. В пользу того, что кривизна ДНК и сужение бороздки связаны между собой, свидетельствуют данные о связывании А-тракта с антибиотиками (дистамицином и нетропсином) через малую бороздку, что одновременно приводит к выпрямлению ДНК по электрофоретическим данным ( Griffith et al, 1986 ), а по данным кристаллографии - к уширению малой бороздки ( Kopka et al, 1985 ).
