Таб III dna_b Структура Ori C

Origin            AT-rich        Tightly bound            Sequence
                                 dnaA protein
              13   13   13    A           A   A    A  5'
E.coli oriC  |==>--==>--==>-|==|--------|==|-|==|-|==| 
GATCTnTTnTTTT
                                                          12,12,11
                                 dnaA protein
B.subtilis    16   16   16    A           A    A    A
oriC         |==>--==>--==>-|==|--------|==|-|==|-|==| 
GATACCTTAnTTTTTC
                                                            14,14,15
              A     13   13       pSC101 repA
pSC101       |==|---==>--==>|------------------------| 
GATCTnTTnTTTT
                                                            13,11
              A  A  7 7 7 7 7       P1 repA
  P1         |==|==|=>=>=>=>=>|----------------------| 
AGATCCA/T
.                                                        7,6,7,7,7
              A  A   8 8 8 8        E protein
  F          |==|==|-=>=>=>=>|-----------------------| 
TTTTAT/GA
                                                        8,8,8,8
                 9   9   9          R1 repA        A
  R1         |--==>-==>-==>--|--------------------|==|  TTTAAAnGA
                                                          9,9,9
               10   10   10         pi protein     A
  R6K        |--==>-==>-==>--|--------------------|==| 
TATTnATTTT
ori gamma                                                  9,8,10
               11   11   11       lambda O protein
  lambda     |--==>-==>-==>--|-----------------------| 
TTnTCTTTTGT
                                                           9,11,10
                      11   11     fi 82 O protein
  fi 82      |--------==>==>-|-----------------------|  TTGTCTTTTGT
                                                          11,11
                6     6   6       fi 80 O protein
  fi 80      |--==>--==>-==>-|-----------------------|     TCTTGT
                                                            5,6,6
               9   9   9   9      RK2 trfA protein
  RK2        |==>-==>-==>-==>|-----------------------|  
GGTTT/AAAAA
                                                            9,8,9,8
                9    9    9        alfa protein
   P4        |==>--==>--==>--|-----------------------|  
CACTTAAAG
                                                            9,8,9

9,8,9  Для сравнение AT богатых повторов из прокариотических источников их
последовательности приведены справа.  Стрелки указывают локализацию
AT-богатых повторов в каждом "ori", над ними указана длина в нп,
нуклеотидные последовательности, соответствующие стрелкам для разных
источников могут отличаться. Указаны также области связывания с белками
инициации, во многих случаях они также содержат тандемные повторы. Участки,
обозначенные буквой A, соответствуют ДНК боксу из 9 нп. Число нуклеотидных
совпадений в повторах, указанных на одной строке с консенсусом, начиная
слева на право, соответствует указанным под консенсусом цифрам. n -
неспецифический нуклеотид. Сведения использованы из обзора 
Bramhill & Kornberg, 1988b
.
		



Ссылки: