Связывание молекул РНК-полимеразы с ДНК и поиск промоторов
Механизм поиска промоторов на ДНК молекулами РНК-полимеразы до конца не выяснен. Считают, что после первоначального непрочного связывания с ДНК в случайных местах молекулы РНК- полимеразы перемещаются вдоль двойной спирали ДНК до тех пор, пока не обнаруживают последовательности нуклеотидов промоторов, на которых взаимодействие фермента с ДНК становится более прочным. Во время движения молекулы РНК-полимеразы могут периодически отделяться от ДНК и связываться с ней на новом месте, что ускоряет процесс поиска промоторов.
В связывании с ДНК участвует бета-субъединица РНК-полимеразы E.coli , а альфа- и особенно сигма-субъединицы необходимы для специфического распознавания промоторов. Установлено, что холофермент РНК-полимеразы E.coli (минимальный фермент, содержащий сигма-субъединицу) закрывает в области промотора участок ДНК длиной около 50 п.о. При этом альфа-субъединицы контактируют с ДНК в области -35-го нуклеотида промотора.
