Сплайсинг: модель определения экзонов
Гены позвоночных содержат большое число мелких экзонов (средняя длина около 137 п.о.), разделенных протяженными последовательностями интронов, длина которых около 100 т.п.о. Ферментные системы, осуществляющие сплайсинг, должны распознавать небольшие экзоны, затерянные среди гигантских некодирующих последовательностей, и правильно соединять их друг с другом.
Канонические (консенсусные) последовательности, необходимые для распознавания экзонов, располагаются на концах интронов. Однако в отличие от соответствующих последовательностей интронов дрожжей регуляторные последовательности в окрестностях сайтов сплайсинга животных менее консервативны, и это усложняет задачу распознавания экзонов системами сплайсинга.
Распознавание индивидуальных сайтов сплайсинга у животных, по-видимому, не связано с независимым распознаванием канонических последовательностей в окрестностях каждого экзона. Взаимодействие между соседними сайтами сплайсинга в генах с короткими экзонами и длинными интронами происходит не через интроны, а через последовательности экзонов. Предполагается, что у пре-мРНК с длинными интронами система сплайсинга, прежде всего, отыскивает пару близкорасположенных сайтов сплайсинга, фланкирующих короткие последовательности экзонов ( рис. I.16,а ). После распознавания такой пары с ними взаимодействуют U1- и U2-мяРНП и ассоциированные факторы сплайсинга, включая факторы, распознающие 3'-концевые сайты сплайсинга - U2AF и SC35 , а также фактор, узнающий 5'-концевой сайт сплайсинга - ASF/SF2 . После завершения процесса определения экзона соседние экзоны входят в контакт друг с другом в результате взаимодействия между факторами, распознающими индивидуальные экзоны.
Процесс сборки активной сплайсомы у позвоночных проходит в два этапа, включающие определение экзонов и их сближение между собой. В генах с небольшими интронами, например, у низших эукариот реализуется альтернативный механизм ( рис. I.16,б ). Первым этапом сборки сплайсомы является определение интрона. В результате мутаций, связанных с нарушением сплайсинга, возникает, по крайней мере, четыре фенотипа: игнорирование экзона, который вырезается вместе с интронами; активация новых (криптических) сайтов сплайсинга; возникновение внутри интронов псевдоэкзонов, последовательности которых не вырезаются из пре-мРНК, и игнорирование интронов. Частоты этих мутаций составляют соответственно 51, 32, 11 и 6%. Все фенотипы, за исключением последнего, могут быть объяснены на основе обсуждаемой модели определения экзонов.
Модель позволяет предсказывать максимальные и минимальные размеры экзонов в генах эукариот. Анализ длин 1600 внутренних экзонов показал, что только 3,5% из них содержат более 300 нуклеотидов и менее 1% - 400 нуклеотидов. Доля экзонов, длина которых меньше 50 нуклеотидов, незначительна. Известно, что в опытах in vitro сплайсинг резко ингибируется, если длина внутренних экзонов превышает 400 нуклеотидов или становится меньше 50 нуклеотидов. Все эти факты делают модель определения экзонов весьма правдоподобной. Более короткие экзоны, длина которых составляет 6 или 7 п.о., часто обнаруживаемые в генах белков мышц, распознаются системой сплайсинга через энхансерные регуляторные последовательности, расположенные в интронах рядом с экзонами. Механизм распознавания очень длинных экзонов остается неизвестным.
