Элонгация транскрипции: блокировка растущих цепей РНК, внешние факторы
Имеется много примеров, когда ДНК-связывающие белки блокируют элонгацию цепей РНК вирусными, прокариотическими и эукариотическими РНК-полимеразами как в природных условиях, так и в бесклеточных системах. Однако во многих случаях РНК-полимеразы способны обходить ДНК-связывающие белки без задержки транскрипции.
Интенсивное негативное и позитивное суперскручивание ДНК- матрицы может увеличивать время полужизни элонгирующих комплексов в задержанном состоянии. ДНК в Z-форме также может ингибировать элонгацию.
Многие вещества, взаимодействующие с ДНК, а также повреждения ДНК ингибируют элонгацию. РНК-полимераза E.coli способна преодолевать участки ДНК с отсутствующими азотистыми основаниями. Удивительной является способность Т7-РНК- полимеразы не замечать короткие бреши в матричной цепи ДНК длиной в 1-5 нуклеотидов. Она может перебираться через бреши даже длиной в 24 нуклеотида, хотя и с меньшей эффективностью. Прохождение РНК-полимеразы через такие бреши сопровождается образованием единого транскрипта, содержащего делецию в соответствующем участке РНК. Способность РНК-полимеразы транскрибировать ДНК, содержащие бреши, зависит от природы 3'-концевого нуклеотида, после которого начинается брешь: 3'-ОН-конец допускает транскрипцию, тогда как 3'-фосфат блокирует элонгацию.
