GABP (GA-binding protein) белок
Gene: [21q2/GABPA] GA-binding protein transcription factor, alpha subunit (60kD)
Gene: [07q1121/GABPB] GA-binding protein transcription factor, beta subunit (53/47kD)
Это белок, взаимодействующий с мотивом "cigar" энхансера, выделен из экстрактов ядер печени крыс. Он состоит из двух субъединиц - GABPальфа и GABP бета . Белковые комплексы, похожие на GABP, выделены и из культивируемых клеток человека. Часть аминокислотной последовательности GABPальфа оказалась гомологичной участку ДНК-связывающего домена транскрипционных факторов, принадлежащих к семейству ETS . Все представители этого семейства обладают последовательностью из 85 аминокислотных остатков, которая необходима для их специфического взаимодействия с ДНК. Таким образом, ETS-домен белка GABPальфа образует первый молекулярный интерфейс, обеспечивающий связывание белка с мотивом "cigar" энхансера .
В смеси с GABPбета альфа-субъединица образует белковый комплекс, который обладает бoльшим сродством к мотиву "cigar" энхансера, чем сама альфа-субъединица. Анализ особенностей взаимодействия GABP-комплекса с энхансером позволил обнаружить три высокоспецифичных молекулярных интерфейса: домен полипептида GABPальфа, необходимый для его взаимодействия с белком GABPбета и включающий ETS-домен, и последовательность из 35 С-концевых аминокислотных остатков GAPBальфа. У полипептидной цепи GABPбета во взаимодействии с GABPальфа принимают участие четыре тандемных повтора, состоящие из 33 аминокислотных остатков каждый и расположенные в N-концевой части белка. Анализ аминокислотных последовательностей, гомологичных этому повтору у ряда других белков, позволил выявить высококонсервативную последовательность TPLH . Дополнительные молекулярные взаимодействия между белковым комплексом и последовательностью нуклеотидов "cigar" осуществляются через повторы TPLH после того, как они образуют требуемый комплекс с GABPальфа. При этом аминокислотные последовательности повторов непосредственно контактируют с ДНК.
