Выделение плазмидной ДНК (минипреп, исследование микроцина)
I. Выделение микроцина Б.
3 мл суспензии клеток в LB с ампициллином переносили в пробирки и центрифугировали 5 мин при 6000 тыс.об./мин. Супернатанты декантировали. Выделение плазмидной ДНК проводили на силика-колонках с использованием набора реактивов Invitrogen QuickPlasmid MiniPrep Kit по стандартному протоколу фирмы-производителя.
Для определения концентрации плазмидной ДНК 2 мкл раствора выделенной ДНК смешивали с 1 мкл буфера для нанесения и проводили электрофорез в агарозном геле. Количество продукта оценивали по интенсивности флуоресценции в УФ по сравнению с маркерной плазмидой с известной концентрацией ДНК.
II. Выделение микроцина С.
Одну колонию инокулировали в 3-5 мл среды LB с добавлением соответствующего антибиотика, инкубировали при 37*C и постоянном покачивании в течение ночи. Полученную ночную культуру осаждали центрифугированием (5 мин, 5000 g). Из осадков клеток выделяли плазмидную ДНК при помощи набора реактивов Plasmid Miniprep (Fermentas) в соответствии с рекомендациями производителя. Качество полученного препарата плазмиды проверяли, нанося 1-2 мкл на агарозный гель. Концентрацию препарата измеряли спектрофотометрически на приборе Nanodrop 1000 (ThermoScientific).
