AGOG: пространственная структура
Структура Pae-AGOG определена методом РСА для фермента в свободном состоянии и в комплексе с 8-oxodGuo [ Lingaraju, ea 2005 ]. Общая структура Pae-AGOG соответствует белкам Nth без каких-либо дополнительных доменов. Междоменная бороздка выстлана аминокислотными остатками, которые либо несут положительный заряд, либо способны быть донорами водородной связи, что свидетельствует о возможности связывания в ней ДНК. Конформация мотивов HhH и GPD в AGOG отличается от канонических из-за значительного удлинения второй спирали мотива HhH и компенсирующего его удлинения всего мотива GPD. Тем не менее, каталитические остатки Lys и Asp находятся в ожидаемом положении у входа в предполагаемый карман связывания поврежденного дезоксинуклеотида в междоменной бороздке. В структуре комплекса с 8- oxodGuo поврежденный дезоксинуклеотид связан в этом кармане. Основание 8-oxoGua зажато между ароматическими остатками Phe144 и Trp222 и жестко стабилизировано водородными связями по уотсон-криковской грани N2[8- oxoGuo]-Od1[Asp218], N1[8-oxoGuo-Od2[Asp218], Ne2[Gln31]?O6[8-oxoGuo] и водным мостиком Nзета[Lys147]-H2O-O6[8-oxoGuo]. Связи N7[8- oxoGuo]-Oe1[Gln31] и Ne1[Trp69]-O8[8-oxoGuo] дают возможную основу для дискриминации Gua в активном центре AGOG.
