Fpg/Nei суперсемейство пространственная структура
На момент начала данной работы была известна только одна структура белка, принадлежащего к данному семейству - полученная методом РСА структура Fpg из Thermus thermophilus (Tth-Fpg) . Она значительно отличается от структур белков суперсемейств Ung и Nth ( рис. 5Б ). Tth-Fpg состоит из двух доменов, N- и C-концевого, которые соединены гибким линкером. Граница между доменами образует положительно заряженную бороздку, в которой предположительно связывается ДНК; на дне бороздки находится глубокий карман, идеально подходящий для связывания поврежденного основания. N-концевой домен начинается длинной a-спиралью, на N-конце которой, открывающемся в междоменную бороздку, располагается каталитически активный дипептид Pro-Glu. На поворотах между складками b3 и b4 -сэндвича, образующего ядро N-концевого домена, располагается функционально важный остаток Lys, соответствующий Lys56 Eco-Fpg, замена которого приводит к снижению активности и изменению субстратной специфичности фермента [ Sidorkina, ea 2001 ]. В C-концевом домене Tth-Fpg расположены мотивы спираль- два поворота- спираль ( H2TH ) и цинкового пальца. Первый из этих мотивов, образованный 2 a-спиралями и 2 поворотами типа II, не встречается среди других белков, хотя родственные ему мотивы спираль- поворот - спираль и спираль- три поворота - спираль достаточно широко распространены в природе среди ДНК- и РНК-связывающих белков, в том числе и ферментов репарации [ Harrison, ea 1990 ]; в частности, мотив спираль - три поворота - спираль-встречается в структуре флэп-эндонуклеазы FEN1 . Мотив цинкового пальца также широко встречается среди ДНК-связывающих белков [ Laity, ea 2001 ]. Структура белка Tth-Fpg в комплексе с ДНК не определена.
