MagIII: пространственная структура
Белок Hpy-MagIII , структура которого определена методом РСА [ Eichman, ea 2003 ], характеризуется топологической организацией сходной с белком Nth . 6HB -домен имеет практически ту же структуру, что и у Nth, а FeS-домен тоже построен сходным образом, но лишен FeS-кластера. Вместо него в FeS-домене находится уникальный для MagIII остаток карбамоиллизина, который образует несколько водородных связей, стабилизирующих домен. Структура белка в комплексе с ДНК неизвестна, но определена структура MagIII в комплексе с основаниями 3,9-диметиладенином и eAde, связывающихся в одном и том же центре белка. Карман, в котором связываются поврежденные основания, выстлан гидрофобными остатками (Trp24, Trp25, Pro26, Phe45) и остатками, способными образовывать многие водородные связи (Glu132, Asp150, His203, Lys211), и при связывании поврежденных оснований реализуются оба этих типа взаимодействий. Моделирование основания 7-mGua в активном центре показывает, что дискриминация этого типа поврежденных оснований происходит из-за неблагоприятных стерических взаимодействий метильной группы при N7 и остатками Trp25 и Pro26, что напоминает ситуацию с дискриминацией 5-замещенных пиримидинов ферментами Ung/UNG.
