MBD4: пространственная структура
Белок MBD4 состоит из 2 ДНК-связывающих доменов, один из которых несет ДНК-гликозилазные функции, а второй связывает mCG-ДНК, в результате чего весь фермент приобретает специфичность гликозилазы неспаренных Thy/Ura в контексте кластеризованных CG-островков . Структура ДНК-гликозилазного домена mMBD4 в свободном состоянии определена методом РСА [ Wu, ea 2003 ]. MBD4 можно отнести к периферийным членам суперсемейства Nth, поскольку белок содержит мотивы HhH и GPD и в целом гомологичен 6HB-домену Nth, но большая часть FeS-домена, в том числе FeS-кластер, в нем отсутствуют. Также известна структура mCG-ДНК-специфического домена из белка MBD1, высокогомологичного MBD4, но не содержащего гликозилазного домена [ Ohki, ea 1999 ]. О структурных особенностях взаимодействии ДНК-субстратов с полноразмерным MBD4 на сегодня ничего не известно; представляет значительный интерес вопрос о том, каким образом два домена связывают ДНК, обеспечивая одновременно специфичность и к CG-островкам, и к поврежденной ДНК; возможно, что MBD-домен взаимодействует с большой бороздкой ДНК, в которой находится метильная группа 5-mCyt. Гомология MBD4 и других членов суперсемейства Nth позволяет предположить, что основные характеристики взаимодействия этих ферментов с ДНК (связывание фермента в малой бороздке, излом ДНК, выворачивание выщепляемого основания) сохраняются и в случае MBD4.
