Белковый домен NUDIX
Общая структура и топология каталитического фрагмента и NUDIX-домена MutY повторяет структуру и топологию Nth и MutT соответственно. NUDIX- домен организован как смешанный b-слой, зажатый между 1 a-спиралью с одной стороны и 2 a-спиралями с другой. ДНК связывается в междоменной бороздке, и так же, как и в случае UNG, претерпевает значительные конформационные изменения с изломом и выворачиванием поврежденного звена в активный центр фермента. С помощью C-концевого NUDIX-домена, который образует контакты с 6HB-доменом, фермент полностью охватывает ДНК.
