ДНК-гликозилазы: сокращения
2-NH2-Pu; 2-аминопурин ; 9H-пурин-2-амин
5-mCyt; 5-метилцитозин , 4-амино-5-метилпиримидин-2(1H)-он
5-OH-Cyt; 5-гидроксицитозин ; 4-амино-5-гидроксипиримидин-2(1H)-он
5-OH-Ura; 5-гидроксиурацил ; 5-гидроксипиримидин-2,4(1H,3H)-дион
6-OMe-8-oxoGua; O6-метил-8-оксогуанин ; 2-амино-6-метокси-7,9-дигидро-8H- пурин-8-он
8-BrGua; 8-бромгуанин; 2-амино-8-бромо-1,9-дигидро-6H-пурин-6-он
8-MeO-Gua; 8-метоксигуанин; 2-амино-8-метокси-1,9-дигидро-6H-пурин-6-он
8-NH2-Gua; 8-аминогуанин; 2,8-диамино-1,9-дигидро-6H-пурин-6-он
8-oxoAde; 8-оксоаденин; 6-амино-7,9-дигидро-8H-пурин-8-он
8-oxocdGuo; карбоциклический аналог 8-оксо-2'-дезоксигуанозина;
2-амино-9-[3-гидрокси-4-(гидроксиметил)циклопентил]
-7,9-дигидро-1H-пурин-6,8-дион
8-oxodGuo; 8-оксо-2'-дезоксигуанозин
8-oxodGMP; 8-оксо-2'-дезоксигуанозин-5'-фосфат
8-oxodGTP; 8-оксо-2'-дезоксигуанозин-5'-трифосфат
8-oxoGua; 8-оксогуанин; 2-амино-7,9-дигидро-1H-пурин-6,8-дион
8-oxoGTP; 8-оксогуанозин-5'-трифосфат
8-oxoHyp; 8-оксогипоксантин; 7,9-дигидро-1H-пурин-6,8-дион
8-oxoPu; 8-оксопурин; 7,9-дигидро-8H-пурин-8-онacAP;
стабильный циклический аналог AP-сайта,
[(2R,4R)-2,4-дигидроксициклопентил]метилфосфат
AP; апурин-апиримидиновый
AUлямбда; единица оптического поглощения (absorbance unit) лямбда в нм
azaAP; стабильный циклический аналог AP-сайта, (4-гидроксипирролидин-3-ил)
метилфосфат
BCIP/NBT; смесь 5-бром-4-хлор-3-индолилфосфата и пара-нитросинего тетразолия
хлорида
BrUra; 5-бромурацил ; 5-бромопиримидин-2,4(1H,3H)-дион
DMEM; среда Игла, модифицированная Дульбекко (Dulbecco-modified
Eagleэ's medium)
DMS; диметилсульфат
DMSO; диметилсульфоксид
dR; 2'-дезоксирибоза
dRbl; дезоксирибитол; пентан-1,2,3,5-тетрол
dRP; 2'-дезоксирибозо-5'-фосфат
DTT; дитиотреитол
EDTA; этилендиаминтетрауксусная кислота
EGTA; [этиленбис(оксиэтиленнитрило)]тетрауксусная кислота
EST; экспрессируемый фрагмент последовательности (expressed sequence tag)
FAP; семейный аденоматозный полипоз (familial adenomatous polyposis)
Fapy-Ade; 4,6-диаминопиримидин-5-илформамид
Fapy-dAdo; дезоксинуклеозид Fapy-Ade
Fapy-dGuo; дезоксинуклеозид Fapy-Gua
Fapy-Gua; 2,4-диамино-6-оксо-1,6-дигидропиримидин-5-илформамид
FCS; эмбриональная телячья сыворотка (fetal calf serum)
FITC; флуоресцеинизотиоцианат
H2TH; мотив a-спираль - два поворота -a-спираль- (helix -2 turns - helix)
H2Thy; 5,6-дигидротимин; 5-метилдигидропиримидин-2,4(1H,3H)-дион
H2Ura; 5,6-дигидроурацил; дигидропиримидин-2,4(1H,3H)-дион
HEPES; 4-(2-гидроксиэтил)-1-пиперазинэтансульфоновая кислота
IAA; иодоацетамид
Ig; иммуноглобулины
IPTG; изопропил-?-D-тиогалактопиранозид
MAD; многоволновая аномальная дифракция (multivawelength anomalous
diffraction)
MAP; белки, ассоциированные с микротрубочками (microtubule-associated
proteins)
mFapy-dGuo; дезоксинуклеозид mFapy-Gua
mFapy-Gua; 2,4-диамино-6-оксо-1,6-дигидропиримидин-5-ил(метил)формамид
MMS; метилметансульфонат
MOPS; 3-морфолинопропан-1-сульфоновая кислота
NCBI; Национальный центр биотехнологической информации США (National Center
for Biotechnology Information)
ORF; открытая рамка считывания (open reading frame)
PDB; база данных структур биомакромолекул Protein Data Bank PIPES;
PMSF; 1,4-пиперазиндиэтансульфоновая кислота фенилметилсульфонилфторид
rAP; восстановленный AP-сайт, 2,3,5-тригидроксипентилфосфат
RB; бенгальский розовый (Rose Bengal)
RBHA-NHS; гидроксисукцинимид бенгальского розового, модифицированного
гексаноевой кислотой
r.m.s.d.; среднеквадратичное смещение (root mean square displacement)
SDS; додецилсульфат натрия (sodium dodecyl sulfate)
Thy(OH)2; тимингликоль (5,6-дигидрокси-5,6-дигидротимин)
THF; стабильный циклический аналог AP-сайта,
(3-гидрокситетрагидрофуран-2-ил) метилфосфат
TR; техасский красный (Texas Red)
Tris; 2-амино-2-(гидроксиметилпропан)-1,3-диол
WT; дикий тип (wild type)
а.к.о.; аминокислотный остаток АФК; активные формы кислорода
БСА; бычий сывороточный альбумин
ВЭЖХ; высокоэффективная жидкостная хроматография
ГХМС; газовая хроматография с масс-спектрометрической детекцией
ед.акт.; единица активности
ИФА; иммуноферментный анализ
КД; круговой дихроизм
миРНК; малая интерферирующая РНК
ММ; молекулярная масса
ОДН; олигодезоксинуклеотид(ы), олигодезоксинуклеотидный
ОЦР; одноцепочечный разрыв
ПААГ; полиакриламидный гель
ПЗС; панель с зарядовой связью
п.н.; пара нуклеотидов
ПЦР; полимеразная цепная реакция
ПЭГ; полиэтиленгликоль
РОПК; рак ободочной и прямой кишки
РСА; рентгеноструктурный анализ
ТХУ; трихлоруксусная кислота
УФ; свет ультрафиолетового диапазона
ЦПД; циклобутановый пиримидиновый димер
ЯМР; ядерный магнитный резонанс
Одно- и трехбуквенные обозначения стандартных аминокислотных и нуклеотидных звеньев (в том числе с вырожденной последовательностью) приведены в соответствии с номенклатурой IUPAC-IUBMB [ Liebecq, ea 1992 ].
При упоминании сокращений модифицированных звеньев ДНК везде по тексту используются сокращения для модифицированного азотистого основания; сокращения для модифицированного дезоксинуклеозида используются, только если наличие углеводного фрагмента важно для смысла.
Для сокращенного обозначения прокариотических белков и кодирующих их генов принята стандартная номенклатура Демереца [ Demerec, ea 1996 ], при необходимости указать биологический вид к их принятым 3-4-буквенным сокращениям добавляется трехбуквенное сокращение вида по нотации, принятой для эндонуклеаз рестрикции (напр., Fpg из E.coli обозначается Eco-Fpg) Для сокращенного обозначения эукариотических белков принята международная нотация организации "Геном человека" (www.genenames.org), при необходимости указать биологический вид к их принятым сокращениям добавляется условное однобуквенное сокращение вида (напр., OGG1 человека обозначается hOGG1).
Для обозначения ковалентных комплексов ферментов репарации с ДНК принято сокращение типа Enz-ДНК, а для обозначения нековалентных комплексов - Enz/ДНК (где Enz - название конкретного фермента). В тех случаях, когда природа комплекса неважна или меняется в ходе реакции, используется сокращение типа Enz-ДНК. При необходимости обозначается природа ДНК в комплексе (напр., Nei/AP-ДНК) и присутствие или отсутствие замен аминокислотных остатков в ферменте (напр., Nei-E2A/ДНК или Nei- WT?ДНК). Для ковалентных комплексов, в которых отсутствует поврежденное основание, при необходимости в скобках может обозначаться природа повреждения исходной ДНК (напр., Nei-(Thy(OH)2)-ДНК для ДНК, которая в исходном виде содержала звено Thy(OH)2). Для обозначения двуцепочечных ОДН указываются коды цепей, разделенные двоеточием, при необходимости цепь, несущая радиоактивную метку, обозначается звездочкой (напр., *kin01og:kin02c).
