Генетические факторы болезни Альцгеймера: программы биоинформатики
1) Поиск и анализ нуклеотидных и белковых последовательностей, сходных с пресенилинами, осуществляемый с помощью программы Blast на серверах NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/), TIGR (http://tigrblast.tigr.org/tgi/), KEGG (http://www.genome.ad.jp/kegg-bin/mk_homology_pathway_html).
2) Анализ гидрофобности белков по программе вычисления и построения графиков гидрофильности/гидрофобности белков (Weizmann Institute) с использованием алгоритма Kyte-Doolittle (x-1, длина окна 17) (http://bioinformatics.weizmann.ac.il/hydroph/plot_hydroph.html).
3) Для предсказания трансмембранной топологии - программы PSORT II (http://psort.nibb.ac.jp/form2.html), Tmpred (ISREC) (http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html), SOSUI (http://sosui.proteome.bio.tuat.ac.jp/sosui_submit.html).
4) Для предсказания массы белков - программа PeptideMass сервера Expasy (http://cn.expasy.org/tools/peptide-mass.html).
5) Для предсказания сайтов N-гликозилирования белков - программа сервера NetNGlyc 1.0 (http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/).
6) Множественное выравнивание последовательностей - программа AliBee-Multiple Alignment на сервере GeneBee (http://www.genebee.msu.su/services/malign_reduced.html), а также программы ClustalW Multiple Alignment на сервере BCM (http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/multi-align/multi-align.html).
7) Для редактирования последовательностей при множественном выравнивании - программы GeneDoc (http://www.psc.edu/biomed/genedoc/) и CHROMA (http://www.lg.ndirect.co.uk/chroma/).
8) Для построения филогенетического дерева - программа TreeTop - Phylogenetic Tree Prediction на сервере GeneBee (http://www.genebee.msu.ru/services/phtree_reduced.html).
9) Для работы с нуклеотидными последовательностями - программы серверов BCM (http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/seq-util/seq-util.html), Molbiol.ru (http://www.molbiol.ru/scripts/index.html#a1), программы Vector NTI (Invitrogen, http://invitrogen.comcontent.cfm?pageid=10118), Chromas (http://www.technelysium.com.au/chromas.html).
10) Для выбора олигонуклеотидных праймеров - программа Primer3 (http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3_www.cgi ).
