Узнавание GGGA-элемента сигма-субъединицей
Аптамеры к сигмаA-субъединице T. aquaticus, кроме -10 и TG- элементов, содержат консервативный мотив GGGA, расположенный справа от -10 элемента ( Рис. 2.3 ). Показано, что нуклеотидные замены в этом мотиве нарушают узнавание аптамера сигма-субъединицей. В частности, замена GGGA на CTTT приводит к полному подавлению связывания аптамера. Следовательно, GGGA может являться новым промоторным элементом, узнаваемым сигма-субъединицей РНКП T. aquaticus.
Анализ существующих структурных моделей промоторного комплекса и экспериментальные исследования локализации района сигма-субъединицы, взаимодействующего с GGGA-элементом показали, что участок нематричной цепи ДНК, соответствующий GGGA-элементу, располагается поблизости от района 1.2 сигма-субъединицы ( Рис. 2.1 ). Что подтверждает предположение о непосредственном участии этого района 1.2 сигма-субъединицы в узнавании данного участка промотора (см. ниже " РОЛЬ GGGA-ЭЛЕМЕНТА В УЗНАВАНИИ ПРОМОТОРОВ РНКП ").
