V Участки гена 16S рРНК
С развитием технологий высокопродуктивного секвенирования без типирования бактерий по последовательности генов 16S рРНК не обходится ни одно метагеномное исследование. В настоящее время все биоинформатические ресурсы и базы данных для филогенетического анализа используют в качестве филогенетического маркера именно эти последовательности. Самые распространенные биоинформатические ресурсы - это Ribosomal Database Project ресурс (или сокращенно RDP) [ 18 ] и Greengenes database ресурс [ 19 ].
Длина последовательности гена 16S рРНК составляет примерно 1500 п.о., и включает как строго консервативные, так и более вариабельные участки. Более консервативные участки обладают меньшей разрешающей способностью при определении филогенетической принадлежности. Поэтому для филогенетического анализа на уровне родов и видов используют вариабельные участки гена 16S рРНК. Многочисленные исследования были проведены для выявления участков 16S рРНК гена, обладающих наиболее высокой разрешающей способностью. Ими оказались участки V2, V3, V4, V5 и V6 [ 20 ], которые представлены на Рис. 1.
