5-метилцитозин в ДНК выявляется секвенированием по Максама и Гилберту
Поскольку модифицированное основание в меньшей степени, чем цитозин или тимин, реагирует с гидразином, то в секвенирующем геле соответствующая полоса отсутствует. Подтверждение может быть получено секвенированием комплементарной нити.