Mycoplasma genitalium: ОРС
Наименьший по размеру из исследованных геном Mycoplasта genitalium кодирует предположительно 480 открытых рамок считывания (ОРС) , соответствующих определенным или еще не идентифицированным генам. Первоначально было сообщено о 470 ОРС, содержащихся в геноме M. genitalium, и 677 - у M. pneumoniae , однако потом было внесено несколько поправок, касающихся как числа ОРС, так и предполагаемых функций кодируемых ими полипептидов ( Brosius et al., 1996 ; Koonin et al., 1996 ; Ouzounis et al., 1996 ) (см. также табл. 7 ).
Все гипотетические открытые рамки считывания M. genitalium имеют ортологичные в геноме M. pneumoniae. Ортологами называют гомологичные гены филогенетически родственных организмов, разошедшихся в процессе видообразования. Ортологи близких видов имеют одну и ту же функцию. Паралогами называют гены, разошедшиеся в процессе дупликации внутри одного генома. Функции паралогов, как правило, различны ( Льюин, 1987 ). Идентичность ортологичных ОРС M. genitalium и M. pneumoniae составляет в среднем 66.1% на нуклеотидном и 67.4% - на аминокислотном уровне, что указывает на значительность эволюционного расстояния, в то время как уровень идентичности между последовательностями генов 16S и 23S рРНК составляет 98%, а для генов белков, выполняющих основные функции поддержания жизнедеятельности клетки (housekeeping genes) - от 70 до 97%. "Дополнительные" 236 т. н. п. в геноме M. pneumoniae содержат 199 предполагаемых ОРС, не идентифицированных у M. genitalium. Из числа этих ОРС 110 специфичны для M. pneumoniae и не имеют значимой гомологии с ОРС M. genitalium. В то же время 76 ОРС появилось, вероятно, вследствие мультипликации ОРС, присутствующих в виде единичных копий в геноме M. genitalium, и их можно рассматривать как паралоги.
