Микоплазмы: протеомика: ограничения
Микоплазмы удобны для протеомного анализа, так как большая часть их белков может быть разделена, проанализирована и идентифицирована при двумерном электрофорезе. Из 58 проанализированных этим методом полипептидов M. pneumoniae 49 удалось идентифицировать ( Herrmann et al., 2000 ). Ограничения протеомного подхода состоят в следующем:
1) не все клеточные белки экспрессируются в данное время;
2) разделение белков двумерным электрофорезом в геле эффективно только для малых организмов, таких как микоплазмы;
3) белковые молекулы, представленные небольшим числом копий, могут быть потеряны из-за низкой разрешающей способности двумерного электрофореза в геле;
4) белки с изоэлектрической точкой более 10 обычно не разделяются.
В целом протеомный анализ эффективен только в отношении белков, для которых известна структура их генов.
Была сделана попытка моделирования трехмерной структуры клеточных белков M. genitalium , реконструированных по данным сиквенса. Из всех 468 ОРС только 22% с высокой вероятностью может быть отнесено к белкам, функция которых известна. Из остающихся 78% последовательностей 18% относится к мембранным белкам ( Fischer, Eisenberg, 1997 ). Ожидается, что этот подход позволит продвинуться по пути функциональной идентификации белков, структура которых предсказана на основании нуклеотидных последовательностей соответствующих генов. Несмотря на очевидную полезность всех названных подходов, вопрос о функции продукта данного гена может быть решен со всей определенностью только в результате комплексных исследований, включая определение ферментативной активности, генетические эксперименты с направленным мутагенезом и структурный анализ белка.
