Микоплазмы: регуляция экспрессии генов: пропажа генов
От остальных бактерий микоплазм отличает малое количество белков, вовлеченных в регуляцию экспрессии генов. В геномах микоплазм идентифицировано только по одному сигма-фактору . Каким образом микоплазмы регулируют синтез белков, которые должны присутствовать в клетках в разной концентрации в разных условиях, неясно.
В случае, когда гомологи для искомых генов в геноме не представлены, может возникать необходимость уточнения классических биохимических путей и использования альтернативных или уникальных реакций. Создается впечатление, что некоторые гены пропадают. Подобная пропажа гена и соответствующего ему фермента может быть обусловлена несколькими причинами:
1) низким уровнем гомологии или присутствием нового гена, кодирующего фермент с той же или сходной функцией;
2) некорректной аннотацией генов в базах данных;
3) функционированием белка как мультиферментного комплекса,
4) отсутствием информации о нуклеотидных последовательностях генов, кодирующих фермент с данной охарактеризованной активностью ( Cordwell, 1999 ).
Обнаружение в геноме нуклеотидной последовательности с гомологией к данному гену не обязательно соответствует активности кодируемого фермента в клетке. Такой эффект может быть вызван присутствием в геноме неактивных остатков генов, эволюционным давлением, приведшим к утрате белком ферментативной активности, инактивирующими мутациями, отсутствием транскрипции/трансляции или посттрансляционной модификации.
