Мутабильность STR и VNTR повторов
Мутабильность в STR-сайтах обусловлена нестабильностью числа повторов, причем возникающие мутации затрагивают, как правило, лишь весьма ограниченное число кластерированных копий, чаще всего одну или две. Подобные тандемные повторы редко наблюдаются в смысловых последовательностях ДНК. Исключение составляют лишь мутации экспансии , но и для них характерны, во-первых, существование большого числа аллелей дикого типа, отличающихся друг от друга небольшим числом копий, и, во-вторых, значительные различия по длине повторяющегося участка между нормальными и мутантными вариантами гена. Кроме того, изменчивость в STR-сайтах в основе своей носит нейтральный характер, и потому темп мутирования в этих локусах не подвержен жесткому контролю со стороны естественного отбора.
Прямые исследования показали, что в большинстве случаев частота возникновения спонтанных мутаций в микросателлитных STR- сайтах варьирует в пределах от 0,1 до 0,45% на гамету, что должно учитываться при использовании этих маркеров в практической медицине. Частота мутирования в вариабельных (С-А)n-повторах, используемых в качестве индексных маркеров в Genethon-картах сцепления, составляет 0,05% на гамету. Показано, что для ряда VNTR -локусов ( MSB2 ) частота мутирования достигает 0,7% на гамету. Для других локусов ( Ml 7 ) обнаружено достоверное превышение скорости мутагенеза в зародышевых клетках по сравнению с соматическими. Для многих достаточно стабильных STR-локусов обнаружены существенные межпопуляционные различия по частоте аллелей, что позволяет использовать эту изменчивость для генетической характеристики отдельных популяций. В то же время другие STR-сайты значительно чаще подвергаются спонтанному мутированию, что приводит к уравновешиванию паттерна аллелей и делает эти маркеры малопригодными для популяционных исследований. Имеются данные, что в наиболее вариабельных STR-локусах частота спонтанных мутаций может достигать 5% на гамету за поколение [ Jeffreys A.J. et al., 1988 ].
