Нахождение корня для бескорневого дерева.
Большинство методов построения деревьев дают бескорневые деревья. Для выяснения положения корня обычно привлекают OTU (репер) заведомо далекую от всех других OTU, используемых при построении дерева (Это может быть известно например из палеонтологических данных). При этом корень помещается между этой OTU и точкой присоединяющей ее к дереву.
Однако не следует использовать в качестве реперной OTU черезмерно далекие виды, так как они могут обнаруживать крайне малое родство с остальными OTU и порождать ошибки в топологии.
Также не следует выбирать чересчур близкие OTU, при этом нельзя быть уверенным, что реперная OTU первой отделилась от общего предка.
Использование нескольких реперных OTU обычно уменьшает возможность ошибки.
При отсутствии реперной OTU корень можно найти из предположения о равных темпах эволюции по всем ветвям филогенетического дерева. При этом корень помешается посередине самого длинного маршрута соединяющего две OTU.
