Короткие гомологичные последовательности
Различные преобразования генома могут быть результатом реком- бинации между короткими гомологичными последовательностями , кото- рые не являются субстратами для специфических систем разрезания и сшивки . Прежде, чем говорить о механизмах данных рекомбинаций, следует уточнить, какие гомологичные последовательности следует считать "короткими". Классическая гомологичная рекомбинация в E.coli, по-видимому, требует участок последовательности длиной 20 н.п., что было определено измерением интермолекулярной рекомбина- ции между плазмидами типа ColE1 фага лямбда, содержащими короткие сегменты гомологии. (Возможно, для рекомбинации фага T4 требуются несколько более длинная гомология, 50 н.п.) Следовательно, экспериментально подтверждено,что гомологии меньше 20 н.п. вовлекаются исключительно в незаконные рекомбинации. Нижний предел существенного совпадения может быть определен на основании того, что в случайной последовательности вероятность найти одно, два или три совпадающих основания в сайте рекомбина- ции соответственно равны 1/4, 1/16 и 1/64. Последнее значение, 0.0156 используется как статистически значимое. "Короткая гомоло- гия", следовательно, может быть определена как гомология длиной 3-20 н.п., и в дальнейшем будут обсуждаться рекомбинационные события, использующие сегменты такого размера.
