Банк данных экспрессии генов в опухолях
Свердлов Е.Д.Будет ли создан стандартный способ анализа изменений происходящих в раковой клетке?
Статья в апрельском номере Nature (Knight J, Cancer comes under scrutiny in fresh genomics initiative, Nature, 410, 855, 2001) под названием "Рак подвергнется тщательному анализу в рамках новой геномной инициативы" обсуждает вопрос о том, будет ли создана единая база данных, содержащая сведения о всех изменениях экспрессии генов во всех видах рака. Принципиально такая возможность существует: для этой цели можно использовать так называемые микрочипы, которые содержат на небольшом квадратике твердого материала, например стекла, десятки тысяч генов, нанесенных в определенном порядке. Гибридизация мРНК, выделенных из раковых клеток, и сравнение ее с результатами гибридизации с мРНК из нормальных клеток, позволяет судить об изменениях в раковых клетках. Это чрезвычайно интенсивная технология в последние пару-тройку лет завоевывала все более и более растущую популярность, и сегодня вопрос, который поставлен в заголовке статьи, уже не риторический. Создается международный консорциум, который собирается заняться этой проблемой. Ему уже дали имя International Genomic Consortium (IGC), и он ставит перед собой именно эту задачу. Создание такого международного консорциума можно было ожидать: установление последовательности генома дрожжей, нематоды и, наконец, человека осуществлялось международными консорциумами, и это дало хороший опыт в осуществлении крупномасштабных биологических проектов. IGC собирается создать стандартные микрочипы, которые будут использоваться всеми участниками проекта, так чтобы данные были сопоставимы. На первой стадии планируется проанализировать 10000 опухолей из коллекций, поддерживаемых в различных раковых центрах. Далее с помощью существующих компьютерных программ будет проведен так называемый кластерный анализ, который даст возможность увидеть, какие гены имеют общий характер экспрессии в различных опухолях, а какие различный. Это даст возможность классификации опухолей по принципу сходства экспрессии генов и в перспективе будет служить основой клинической диагностики. Безусловно, проект страдает определенными дефектами. В частности, безусловно более правильно было бы проводить анализ экспрессии генов в сочетании с анализом изменений в спектре белковых продуктов. Однако, сегодня это пока мало реально, тогда как анализ содержания РНК становится все более рутинным способом исследования. Поскольку проект будет финансироваться компаниями, которые производят микрочипы, в частности, Affimetrix, не вызывает сомнения, что он начнется очень скоро. Для компаний выделение требуемых 45 миллионов долларов не представляет серьезной проблемы. Поэтому к середине 2002г анализ 10000 опухолей будет проведен, как это и планирует будущий консорциум.
