Ген фенилаланингидроксилазы: гаплотипы
Исследование гена фенилаланингидроксилазы (ФАГ) человека с помощью ряда рестриктаз Pvu II, Bgl II, Xmn I, Msp I, Hind III, EcoR V, EcoR I + Bam HI позволило выявить полиморфизм длины рестрикционных фрагментов (ПДРФ или RFLP). Сочетание аллельных вариантов полиморфных учаcтков гена по восьми из них выявило первоначально в данном гена более 40 гаплотипов (Chakraborty R.,1987 ; Woo S.L.C.,1988 ; Daiger S.P.,1989a ; Daiger S.P.,1989b ). Данные гаплотипы представлены в Таблицt 2. Однако, су ществование семи диморфных и одного триморфного (Hind III) аллелей гена ФАГ теоретически допускает существование 384 возможных гаплотипов.
Развитие методов полимеразной цепной реакции амплификации (ПЦР, PCR) позволило локализовать пять из восьми полиморфных рестрикционных сайтов, используемых для определения ПДРФ гаплотипов гена ФАГ.
Полиморфизм по сайту Pvu II (CAG/CTG) позволяет идентифицировать два полиморных аллеля по длине: 19 kb(-) (E1) или 6 kb(-) (E2). С помощью ПЦР было показано, что амплифицированный фрагмент размером 374 bp, включающий данную область, при наличии сайта рестрикции Pvu II выявляет два фрагмента размером 225 bp и 149 bp. Полиморфный сайт Pvu II локализован во втором интроне гена ФАГ на расстоянии 1,4 kb от 3'конца второго экзона ( Dworniczak B.,1991c ).
Полиморфизм по сайту Bgl II (A/GATCT) позволяет идентифицировать два полиморфных аллеля по длине 3,6 kb (-) (D1) или 1,7 kb(-) (D2). Амплифицированный фрагмент размером 290 bp, включающий данную область, при наличии сайта рестрикции Bgl II обнаруживает два фрагмента размером 209 bp и 81 bp. Полиморфный сайт Bgl II локализован на расстоянии 55 bp от 3'конца экзона 1 ( Dworniczak B.,1991d ).
Полиморфизм по сайту MspI (C/CGG) обнаруживает два полиморфных аллеля по длине 23 kb (-) (A1) или 19 kb и 4 kb (+) (A2). Амплифицированный фрагмент размером 425 bp, включающий эту область, при наличии сайта рестрикции MspI дает два фрагмента размером 300 bp и 25 bp. Сайт Msp I локализован на расстоянии 268 bp от 5' конца экзона 8 ( Wedemeyer N.,1991 ).
Полиморфный участок Xmn l (GAANN/NNTTC) выявляет два полиморфных аллеля размером 9,4 kb (-) (A1) или 6,5 kb (+) (A2). Амплифицированный фрагмент размером 205 bp, включающий данную область, при наличии сайта рестрикции XmnI различает два фрагмента в 110 bp и 95 bp ( Goltsov A.A.,1992a ). Локализация участка не выявлена.
Полиморфный участок Hind III позволяет идентифицировать три аллельных фрагмента размером - 4,0 kb; 4,2 kb; 4,4 kb. С помощью ПЦР анализ амплифицированного фрагмента, содержащего эту область, выявил наличие AT-богатой (70%) минисателлитной области, содержащую VNTR. Область содержит различное число тандемных повторов из 30 пар оснований и локализована на расстоянии 3 kb от 3' конца последнего экзона гена ФАГ. Полиморфная аллель Hind III (4,0 kb) содержит 3 повтора, полиморфная аллель Hind III (4,4 kb) имеет 12 повторов, а полиморфная аллель Hind III ( 4,2) kb может содержать 6, 7, 8 или 9 копий повторов ( Goltsov A.A.,1992b ). Таким образом, анализ данной области показал шесть аллелей, каждая из которых может содержать 3, 6, 7, 8, 9 или 12 копий тандемных повторов.
В связи с этим количество теоретически возможных вариантов гаплотипов равно 768. Так как дополнительные VNTR аллели представляют собой варианты трех ранее описанных Hind IIIl аллелей, авторы включают VNTR аллели в ранее описанную систему гаплотипов, как варианты RFLP гаплотипов ( Eisensmith R.C.,1992b ). Сводные данные по 71 гаплотипу представлены в Таблице 3. В этой таблице в строке с указанием номера гаплотипа после точки стоит цифра, указывающая количество копий VNTR.
