Метод идентичных по происхождению аллелей (параметрический метод)
Анализ сцепления (параметрический метод) основывается на заранее задаваемых характеристиках, таких как способ наследования и уровень пенетрантности [ Ott, 1991 ; Terwilliger and Ott, 1994 ]. При анализе идентичных аллелей информацию о сцеплении получают только на основе наследования маркеров в парах больных родственников без априорных предположений о типе наследования и других характеристиках. Такой непераметрический подход менее строг и, вероятно, более продуктивен: больные родственники должны иметь избыток общих аллелей даже при неполной пенетрантности, наличии фенокопий, генетической гетерогенности и высокой частоте мутантного аллеля. Анализ общих аллелей заключается в оценке того, насколько чаще по сравнению со случайной сегрегацией пара больных родственников наследует одну и ту же копию участка генома. Значимость отличий при этом может быть оценена простым APOEe2-тестом . Главным ограничением этого метода является невозможность в некоторых случаях отличить аллели, имеющие общее происхождение, от двух копий аллеля разного происхождения. Для решения этой проблемы были предложены несколько способов.
Во-первых, ограничиваются только теми парами родственников, для которых статус аллелей можно определить однозначно.
Во-вторых, используют вместо аллелей, идентичных по происхождению, аллели, идентичные по статусу [ Brown et al, 1994 ]. При этом, однако, часть информации о наследовании маркеров теряется [ Bishop and Williamson, 1990 ]. Не так давно предложен метод, позволяющий извлечь всю возможную информацию из данного набора родословных [ Kruglyak and Lander, 1995 ]: для каждой точки генома на основе данных по маркерам и рекомбинантной фракции рассчитывается вероятность быть идентичной по происхождению в данной паре родственников. Анализ сцепления и метод идентичных по происхождению аллелей предусматривают в качестве необходимого условия своего применения наличие информативных семей, то есть семей, включающих в себя два и более поколений, а в каждом поколении одного или нескольких больных [ Ландер, 1990 ]. Основной недостаток этих подходов заключается в том, что на практике число семей, отвечающих таким требованиям ограничено. Анализ сцепления с использованием лод-балла успешно применяется при картировании простых менделевских признаков. Напротив, для сложных заболеваний, таких, как шизофрения, полученные результаты не всегда однозначны, и обнаруженные сцепления требуют подтверждения на других независимых выборках [ Risch, 1990b ].
