SAR элемент
SAR (Scaffold Association Regions) были первоначально обнаружены с помощью процедуры, разработанной для выявления предсуществующих в клетке взаимодействий ДНК с ядерным матриксом [ Mirkovich ea 1984 ]. В соответствии с этой процедурой изолированные ядра экстрагировали слабым ионным детергентом LIS (дииодосалнцилат лития) . Предполагалось, что аналогично экстракции 2 М раствором хлорида натрия, такая экстракция позволяет солюбилизировать гистоны, не разрушая участков прикрепления ДНК к матриксу. После солюбилизации гистонов ДНК обрабатывали рестриктазами и разделяли на прикрепленную к матриксу и отщепляемую фракции посредством дифференциального центрифугирования, подобно тому, как это делали в опытах по выделению прилежащей к матриксу ДНК после солевой экстракции ядер. Фрагменты ДНК, выделенные в составе матрикса, и было предложено называть SAR. К сожалению, авторы не провели контрольных экспериментов, позволяющих утверждать, что экстракция ядер LIS не приводит к утрате топологически замкнутых доменов ДНК (например, не было изучено влияние интеркалирующих в ДНК агентов на седиментационные свойства экстрагированных ядер). Более того, комплексы SAR-элементов с ядерным матриксом не были устойчивы к повторной обработке LIS. В этой связи наиболее вероятным представляется предположение о том, что данные комплексы образуются de novo в процессе обработки экстрагированных LIS ядер рестриктазами. Экстракция ядер LIS, по-видимому, разрушает все предсуществующие в ядре специфические взаимодействия ДНК с ядерным матриксом. Значительная часть ядерной ДНК при этом все равно коседиментирует вместе с остаточными ядерными структурами, в силу чего протяженные фрагменты ДНК остаются "запутанными" в сетке белков ядерного матрикса. Как было показано, обработка ядер LIS не разрушает участков связывания MAR-элементов. Понятно, что в ходе обработки нуклеазами экстрагированных LIS ядер эти участки могут связывать присутствующие в составе ДНК MAR-элементы. Фрагменты ДНК, не содержащие MAR-элементов, будут играть при этом роль неспецифического конкурента.
