РНК-интерференция: выбор активной цепи siRNA
Искусственно синтезированные дуплексы siRNA способны индуцировать разрыв как в смысловой, так и в антисмысловой РНК-мишени примерно с равной эффективностью ( Elbashir et al., 2001b ; Elbashir et al., 2001c ). Однако при анализе сайтов разрыва, инициируемого короткими (в 38-52 пары нуелеотидов) двухцепочечной РНК были получены указания на то, что каждый отдельный комплекс RISC способен вызывать расщепление либо смысловой, либо антисмысловой одноцепочечной РНК, но не двух цепей ( Elbashir et al., 2001b ).
Это означает, что дуплекс РНК в RISC несмотря на симметричность своей структуры обладает определенной полярностью - действующим началом в нем является только одна из двух цепей РНК. Наличие длинного (15 нуклеотидов) выступающего 3'-конца у двухцепочечной РНК приводит к тому, что в зависимости от того, с какой именно стороны в двухцепочечной РНК располагается удлиненный 3'-конец, подвергаться деградации может только смысловая или антисмысловая РНК-мишень.
По-видимому, наличие длинного выступающего 3'-конца препятствует процессингу такой двухцепочечной РНК с его стороны. Это приводит к предположению, что выбор активной цепи siRNA в составе дуплекса происходит на стадии процессинга двухцепочечной РНК и определяется его направлением с одного из концов двухцепочечной РНК.
Выбор активной цепи siRNA на стадии процессинга двухцепочечной РНК предполагает тесную связь стадий процессинга двухцепочечной РНК и деградации мРНК и, следовательно, ассоциацию соответствующих белковых комплексов или же наличие единого комплекса, осуществляющего последовательно обе стадии процесса РНК-интерференции.
Искусственно синтезированные siRNA дуплексов лишены предшествующей истории процессинга из длинной двухцепочечной РНК и вероятно благодаря этому могут включаться в комплекс RISC в любой ориентации, давая комплексы, активные в отношении как смысловой, так и антисмысловой РНК-мишени.
