Выравнивание (alignment) последовательностей
Выравнивание (alignment) последовательностей: две последовательности выравнены, если они расположены друг относительно друга таким образом, чтобы максимально представить их подобие.
В процессе эволюции последовательности претерпевают множественные мутационные события потери и приобретения протяженных кусков последовательности. Поэтому при сравнении нескольких гомологичных последовательностей возникает задача установления соответствия друг другу отдельных протяженных участков последовательностей. В этом случае принято говорить о выравнивании последовательностей. В простейшем случае выравниваются две последовательности (парное выравнивание), в более сложных случаях выравнивается целый набор последовательностей (множественное выравнивание). Как правило множественное выравнивание осуществляется на основе результатов парного. Здесь рассматриваются два алгоритма парного выравнивания - построение карт точечной гомологии и алгоритм Нидлмана и Вунча .
