Вирусы: классификация: перспективы филогенетической классификации
При классификации вирусов животных и растений стремятся выводить таксоны из филогенетических связей на основе эволюционной теории. Пока отсутствует фундамент для построения иерархической классификации вирусов на основе их эволюции, так как нет единой точки зрения на происхождение вирусов. С достаточной уверенностью можно считать, что вирусы, имеющие антигенные связи, имеют общее происхождение. Таким образом, филогенетические связи прослеживаются лишь на уровне родов, иногда семейств. Относительно связей между семействами пока ничего определенного сказать нельзя. Вполне вероятно, что вирусы разных семейств могут иметь неодинаковое происхождение.
Существует несколько опирающихся на методы молекулярной биологии подходов к созданию филогенетической классификации вирусов. Одним ив них является метод определения генетического родства на основе опытов по гибридизации нуклеиновых кислот. Оказалось, что она удается только между близкородственными вирусами. Таким образом, метод гибридизации может служить критерием вида, но не пригоден для более высоких таксономических групп.
Сопоставление данных, характеризующих молекулярную массу и нуклеотидный состав нуклеиновых кислот разных вирусов [ Ballet A., 1967 ], показало, что группировка вирусов по этим показателям соответствует современному делению на семейства. P. Cooper (1974) считает, что при создании семейств критерий структурных особенностей вириона является недостаточным без учета так называемой стратегии вирусного генома. Единообразие стратегии генома приводит к образованию одинаковых по структуре вирионов, однако структурно сходные частицы могут образовываться и у вирусов с разной стратегией генома.
Особенно важно учитывать стратегию генома в классификации вирусов при отсутствии между ними антигенных связей. Включение в существующие семейства неклассифицированных: вирусов на основе только структурного сходства при отсутствии информации о стратегии генома может приводить к серьезным ошибкам. В частности, это касается мелких вирусов с простой структурой.
R. Matthews (1977) утверждает, что фундаментальные свойства вируса выражаются двумя основными показателями: размером генома и размером вириона. Размер вириона суммирует много разных свойств, в том числе и биологическую активность вирусов; таким образом, он отражает сложность структуры. Крупные вирусы имеют сложное строение и содержат много компонентов; мелкие вирусы обладают более простым строением и включают мало компонентов. Аналогией такого подхода к классификации является успешное разделение высших и низших позвоночных животных на основании соотношения массы тела и массы мозга. Сопоставив соотношение сухой массы генома и сухой массы вирионов 58 групп вирусов и сравнив эти данные с такими признаками, как тип хозяина, структура вириона и характеристика нуклеиновой кислоты, R. Mallhews приходит к заключению, что вирусы с оболочкой резко отличаются от голых геометрических вирусов. Он считает, что наличие или отсутствие липидов больше отвечает возможной эволюции вирусов, чем деление их на РНК-и ДНК-содержащие. По схеме R. Matthews, линидсодержащие вирусы далее группируются на основании структуры нуклеиновой кислоты и стратегии генома. Икосаэдрические вирусы этот автор подразделяет на одно- и двунитчатые и только после этого по типу нуклеиновой кислоты. По-видимому, такой принцип классификации может быть использован для образования таксонов выше семейства. Номенклатура вирусов.
