рРНК: Взаимодействие с мРНК
Теоретическое исследование потенциального комплементарного взаимодействия матричной и 16S рибосомной РНК было проведено Петерсоном с соавторами ( Petersen et al., 1988 ). Ими отмечено, что короткие (3-4 нуклеотида) последовательности, располагающиеся в кодирующей области мРНК в районе +4 +21, комплементарны трем или более из первых 16-ти нуклеотидов в 5'- области 16S рРНК , что предполагает возможность комплементарного взаимодействия этих участков мРНК и 16S рРНК. Поскольку расстояние между этими комплементарными участками и стартовым кодоном варьирует, представляется вероятным, что предполагаемое спаривание оснований происходит ранее точки узнавания матричной РНК сайта связывания рибосомы (AUG и последовательности анти- Шайна-Дальгарно ). Аналогичное предположение о взаимодействии 5'- района 16S рРНК с мРНК белка А и белка оболочки колифагов R17 и Q-бета было выдвинуто ранее ( Van Knippenberg, 1975 ).
Получены свидетельства того, что мРНК образует множественные контакты с рРНК во время трансляции ( Noller, 1984 ; Dahlberg, 1989 ). Из более ранних работ известно, что рибосома защищает по крайней мере 20 нуклеотидов мРНК по обе стороны от стартового кодона AUG ( Steitz and Jakes, 1975 ; Kang and Сantor, 1985 ). Участками предполагаемых контактов с мРНК и трансляционными энхансерами являются следующие области 16S рРНК E. coli: области 460 нуклеотида и последовательности анти-Шайна- Дальгарно , 5'- область и анти-ТР район ( Maly and Brimacombe, 1983 ), декодирующий район с А и П- сайтами в области 1400 ( Prince et al., 1982 ), петля в области 530 ( Trifonov, 1987 ), а также предполагаемый район терминации (нуклеотиды 1199,-1204, 956-958, 981-983 и 1223-1225, комплементарные стоп-кодону и предположительно участвующие в терминации трансляции . ( Murgola et al., 1988 ). Все эти участки 16S рРНК располагаются на поверхности 30S субъединицы рибосомы и предположительно доступны для комплементарного взаимодействия ( Brimacombe et al., 1988 ).
