Тестирование мутаций: точность тестов ДНК у собак
Тесты сцепления маркеров. Эти тесты основаны на близком физическом подобии ДНК-маркеров (микросателлиты, полиморфные гены, RAPD-маркеры и другие) интересующему месту в генной цепи, которое вызывает наследственное нарушение. Эти тесты обычно зависят от анализа родословной, для которого нужна собака с известным статусом заболевания и сцепленный полиморфный маркер, позволяющий выявить генетические вариации у других членов породы. При отсутствии полиморфизма тест не проводят. Точность теста зависит от расстояния между сцепленным маркером и местом гена, это расстояние устанавливают по количеству рекомбинаций между местом гена болезни и маркером, когда анализируют родословную. Очень большая фракция рекомбинаций означает большее разделение между местом гена и маркера и малую надежность теста. Некоторые из этих ограничений можно преодолеть путем использования нескольких сцепленных маркеров, особенно если они могут прикрепляться с разных сторон гена заболевания. Тест сцепленных маркеров применяют для идентификации медного токсикоза у бедлингтон терьеров , а вскоре его будут использовать для определения прогрессирующей атрофии сетчатки формы prcd у различных пород собак.
Тестирование мутаций. Большинство современных тестов ДНК, используемых для собак, направлены на идентификацию специфической единичной мутации, ответственной за заболевание. Для применения тестов нужно знать, что только одна мутация вызывает заболевание, эта информация должна быть известна или опубликована до применения теста. Тесты мутаций не должны быть использованы ни для общего скрининга собак с малой вероятностью заболевания, ни для пород собак с тем же заболеванием, но неизвестной мутацией, его вызвавшей. Во многих случаях заболевания, сходные по клинической картине, могут быть разными, потому что возникли в результате мутаций разных генов или различных мутаций одного и того же гена (соответственно генетическая и аллельная гетерогенность).
Сравнение биохимического и мутационного тестов. Для диагностики гемофилии В , а также 7 из 10 аутосомных рецессивных заболеваний (исключая rcdl , эллиптоцитоз и медный токсикоз ), приведенных в таблицах табл. 1(ct2) и табл. 2(ct2) , применяют биохимические или иммуннохимические тесты. В основном в тестах в результате биохимической реакции определяется нарушенная функция дефектного белка. Поскольку белок отсутствует или его функции нарушены, то результаты тестов обычно точны, поэтому образцы от больных животных можно с большой достоверностью отличить от образцов от здоровых животных. Хотя носители аутосомно-рецессивных заболеваний имеют перемежающийся уровень ферментной активности, значения имеют большой разброс, поэтому существует некоторое совпадение значений у больных и здоровых животных по верхнему и нижнему показателю.
Также в некоторых случаях, таких как дефицит пируваткиназы у басенджи , компенсаторное увеличение экспрессии изоэнзима затрудняет достоверную идентификацию носителей. Это ограничивает применение и точность некоторых биохимических тестов для выявления носителей гена. Другим ограничением является необходимость в нормальных образцах для некоторых анализов, а также строгое следование инструкциям при взятии и обработке образцов, чтобы фермент не потерял свою активность.
Из-за высокой специфичности и точности, а также необходимости тестирования только одного животного предпочтительнее мутационные тесты, когда нужно тестировать специфические заболевания с известными генами и их дефектами. Биохимические тесты лучше применять для общего скрининга предполагаемого заболевания, при котором еще не идентифицирован аномальный ген или молекулярный дефект.
