Универсальные праймеры: амплификация неизвестных микроорганизмов
Праймеры для ПЦР обычно готовятся под определенный вид микроорганизмов. Однако возможен и обратный вариант, когда надо идентифицировать микроорганизм при отсутствии цепочки ДНК. В геноме существуют настолько важные фрагменты рибосомных генов ( ген 16S рибосомной РНК), что их цепочки одинаковы у всех видов бактерий. Между этими тщательно сохраненными фрагментами, содержащими ген 16S, находятся цепочки, которые не столь важны, но от которых зависят различия между родами, а также между видами внутри одного рода. Благодаря так называемым эвбактериальным праймерам , которые являются комплементарными к двум сохраненным фрагментам, ПЦР может амплифицировать те фрагменты, которые не содержат ген 16S, но которые являются специфичными для каждого микроорганизма. Можно взять ранее неизвестный микроорганизм, выращенный на чашке с агаром или прямо на образцах ткани, полученных у зараженного животного, и с помощью эвбактериальных праймеров амплифицировать его, а затем и проанализировать специфичные фрагменты. Эта микробиологическая методика использовалась в ветеринарии, чтобы идентифицировать новые виды Bartonella в качестве причин эндокардита собак .
Различное виды эвбактериальных праймеров применяются для диагностирования септических артритов , вызванных широким спектром грамположительных и грамотрицательных бактерий . В течение нескольких часов данная ПЦР может определить - содержится ли бактерия или бактериальная ДНК в данном виде жидкости или нет. Поскольку эти праймеры применимы для идентификации большинства видов бактерий, данный тест пользуется большой популярностью и может быть использован в качестве быстрого скрининг-теста для выявления бактериемии.
