EST: Методы получения
Одной из задач проекта Геном Человека на ближайшие 5 лет является "разработка новых, эффективных методов идентификации генов и определения местоположения известных генов на физических картах и отсеквенированной ДНК".
Наиболее активно используемой стратегией для решения этих задач является использование EST (Expressed Sequence Tags).
Концепция EST была предложена в 1991 г. M.D. Adams с соавт. [ Adams M.D. e. a., 1991 ] и A.S. Wilkox с соавт. [ Wilkox A.S. e. a., 1991 ]. Суть предложенного ими подхода заключалась в систематическом секвенировании библиотек кДНК. При этом предполагалось, что определяться будет только часть последовательности каждой молекулы (в пределах возможности одного прогона геля на автоматическом секвенаторе, то есть около 300-400 пар оснований). Этот подход позволил резко ускорить идентификацию новых генов. Так, например, по данным, представленным на Симпозиуме Европейского Сообщества по стратегии программ изучения кДНК, который состоялся 12-13 октября 1992 г. во Франции, уже тогда было получено более 25 000 частичных последовательностей кДНК, более 80% которых были получены из человеческих источников.
В настоящее время существует два принципиальных подхода к получению EST - секвенирование кДНК, получаемой с мРНК и секвенирования кДНК, получаемой с гетероядерной РНК , то есть по существу с несплайсированной РНК. Оба этих подхода имеют свои достоинства и недостатки, суммированные в Табл 1 во .
