Консервативные и функциональные мотивы Rad50 и NBD CTFR
Структурное выравнивание между ортологами Rad50 и NBD CTFR выявляет мотивы Уолкера A и B ( Рис 3 ). Было также обнаружено, что Rad50 содержит "мотив узнавания", ключевой мотив ABC-переносчиков, чего нельзя было заключить на основании кристаллической структуры HisP ( Hung и др., 1998 ). Поскольку Rad50 обладает сходными по отношению к белкам SMC топологией и характеристиками последовательности ( Dolganov и др., 1996 ; Connelly и др., 1998 ; Melby и др., 1998 ), мы сравнили ассоциированный с хромосомами белок E человека (hCAP-E) ( Schmiesing и др., 1998 ) со структурным выравниванием Rad50 ABC-ATPаз. Мы обнаружили существенную консервативность элементов, присущих ABC-ATPазам, преимущественно мотива узнавания ( Рис 3 ). Эта неожиданная консервативность мотива узнавания позволяет предположить, что белки SMC, Rad50 и NBD ABC-переносчиков обладают сходным механизмом действия и образуют функциональное надсемейство. Недавно установленная структура N-концевого домена MukB (соответствующему Сегменту N Rad50cd) SMC-белка E. coli, показывает структурное сходство его ядра с Сегментом I Rad50 и HisP ( van den Ent и др., 1999 ). Хотя для C-концевого каталитического сегмента SMC-белков нет структурной информации, консервативность мотивов последовательности C- концевого сегмента Rad50 и CFTR предполагает консервативность топологии. Таким образом, сходство АВС-ATPазных мотивов узнавания Rad50 и SMC говорит об их глобальной роли в функционировании суперсемейства ABC-ATPаз, например, в связи гидролиза ATP с функционально важными конформационными изменениями ( Manavalan и др., 1995 ).
