CRP (CAP) белок
Белок CRP - представитель большой группы белков, узнающих специфические последовательности двухцепочечной ДНК ( Gicquel-Sansey & Cossart, 1982 ; Cossart & Gicquel-Sansey, 1982 ; Palo & Sauer, 1984 ), подобно большинству из них состоит из двух одинаковых субъединиц и соответственно узнает симметричные последовательности ДНК - sCRP. В качестве обзора может быть использована статья ( Шумилов, 1987 ). В дальнейшем сайт связывания белка CRP(CAP) с ДНК именуется sCRP . Для sCRP известно много вариантов общей формулы: от первой GTGN8CAC до детализированной структуры Эбрайта ( Queen & Rosenberg, 1981 ; Ebright et al, 1984 )
AANTGTGAN2TN3TCANA построенной на основе рентгеноструктурных данных и молекулярной модели комплекса CRP-cAMP-ДНК ( Ebright et al, 1984 , Rosenberg, 1979 ). По мнению авторов наиболее оптимальным из них будет GTGN(7-11)CAC. Отметим, что для регуляторных белков (CRP, fnr, araC, malT, репрессоров), совместно эволюционировавших с РНК-полимеразой, для которой наблюдается значительная вырожденность промоторов, должна выработаться определенная изменчивость конформации всей молекулы белка и ДНК-узнающего центра, что позволяет им узнавть серии последовательностей, вырожденных как по структуре, так и по длине.
Вырожденность структуры известных sCRP затрагивает как правило один из доменов (обычно 5'- верхний) CTGN8CAC (ompA), TTGN8CAC (araBAD), ATGN10CAC (crp), GTGN10CAA (ilv), GTGN8CAC (cat), GTAN8CAC (nusA) вплоть до полного изчезновения симметрии: TTTN8CAC (gal), GTGN8CGA (deo) ( Ullmann & Danchin, 1983 ; Cromdrugghe et al, 1984 ; Ebright et al, 1984 ; Rosenberg & Court, 1979 ; Hawley & McClure, 1983 ). Длина спейсера при оптимуме 8 нп изменяется от 7 до 11 нп.
Сродство белка CRP к разным последовательностям ДНК находится в обратной зависимости от степени их вырожденности: по данным Kolb с соавторами ( Kolb et al, 1983 ) связывание CRP.cAMP снижается в ряду sCRP: lac больше malT больше gal больше lacO по мере роста их вырожденности. Особенно велико сродство sCRP с протяженными инвертированными повторами (lac) подобно симметричным операторам lac ( Saedler et al, 1983 ) и оператору lexA гена recA ( Little & Mount, 1982 ), особенно прочно связывающим репрессоры. Многие промоторы имеют несколько sCRP, особенно если симметрия основного sCRP сильно нарушена (cat, deoC, ara, mal). Роль большинства вторичных sCRP неизвестна, скорее всего они облегчают поиск основного sCRP подобно вторичным операторам lac, gal и ara оперонов ( Winter & von Hippel, 1981 ; Majumdar & Adhya, 1984 ; Dunn et al, 1984 ).
