Взаимодействие A-трактов с гистоноподобными белками и реагентами
Фрагменты ДНК, содержащие А-тракты, имеют низкое сродство с гистоном H1, протамином, лигазой, эндо- и экзонуклеазами ( Shatzky-Schwartz et al, 1992 ). Также известно, что А-тракты чаще встречаются на границах нуклеосом или между ними ( Satchwell et al, 1986 ), что свидетельствует в пользу ослабления взаимодействия этих трактов и с другими гистонами.
Среди химических реагентов, гидролизующих ДНК или взаимодействующих с ДНК, те из них, которые вступают в контакт через минорную бороздку, демонстрируют уменьшенную скорость реакции при связывании с А-трактами ( Shatzky-Schwartz et al, 1992 ) по сравнению с усредненными величинами. Это говорит в пользу представления о сужении малой бороздки. Об этом же говорит и тот факт, что антибиотик дистамицин, взаимодействуя с ДНК, ее распрямляет и, видимо, одновременно расширяет минорную бороздку, так как это приводит к восстановлению эффективности взаимодействия с нуклеазами ( Wu & Crothers, 1984 ; Griffith et al, 1986 ).
Естественно предположить, что изгибы в ДНК, связанные с зауженной минорной бороздкой, могут модулировать взаимодействие с белками определенного круга (взаимодействие с белками см.ниже). Здесь же стоит привести пример, когда мутация, вызывающая именно расширение узкой бороздки в районе Прибнова бокса, усиливает промотор через увеличение сродства к РНК-полимеразе ( Sigman et al, 1985 ; Spassky & Sigman, 1985a ). Круг белков, реагирующих на сужение малой бороздки, может включать и нуклеотидсинтезирующие белки. Не исключено, что сужение может оказывать влияние на разные стадии нуклеотидного синтеза. В частности, среди последовательностей, замедляющих скорость элонгации РНК-полимеразы E.coli, присутствуют и А-тракты ( Айвазашвили и др., 1981 ).
