Кооперативный конформационный переход в структуре А-трактов
Имеется убедительное свидетельство того, что по мере удлинения А-тракта происходит кооперативный переход от B формы ДНК к другой структуре B', более всего характерной для А-тракта. Так уже в первой работе ( Koo & Crothers, 1986 ) по изучению электрофоретической подвижности мультимеров на основе AnN(10-n) олигомера наблся сильный скачок подвижности по мере роста длины тракта при изменении n от 3 к 4. Данные по другой серии мультимеров на основе TnA5N(5-n) ( Haran & Crothers, 1989 ) свидетельствуют о значительно замедленной миграции в геле при n=1-3. Мультимеры на основе T4A5N, т.е. при n=4, нормально мигрируют в геле в соответствии со своим молекулярным весом. Естественным объяснением может быть представление о том, что при возрастании n от 3 к 4, в сегмете Т4 происходит структурный переход в новую форму. Эта нормализация подвижности трактуется как компенсация изгибов сегментов А5 и Т4. К аналогичному выводу о кооперативности перехода пришли Diekmann & Kitzing, 1988 измененяя длины А тракта от 3 к 4.
Данные ЯМР ( Nadeau & Crothers, 1989 ) также свидетельствуют о кооперативных изменениях в структуре по мере роста длины А-тракта (n=2-9). Так, тимидиновые имино-протоны в коротких (n меньше или равно 3) А-трактах имеют химические сдвиги, характерные для В-формы. При росте n происходит изменение химического сдвига имино-протонов, отклоняющееся от средних параметров В-формы, особенно усиливаясь в аденинах ближе к 3' концу тракта. Этот же вывод подтверждается данными о замедлении скорости имино-протонного обмена по мере роста длины тракта при n больше или равно 4 ( Leroy et al, 1988 ).
