B-ДНК

В-ДНК и родственные ей C-ДНК , D-ДНК и T-ДНК принадлежат В-семейству двойных спиралей. В B-форме, как и в А-форме, спираль ДНК является правой. У этого семейства фуранозные кольца имеют конформацию С2'-эндо (или близкую ей С3'-экзо), расстояние между соседними фосфатами увеличивается до 7 А, а угол, описывающий вращение вокруг гликозидной связи С1'-N, оказывается в области -ак, в диапазоне -90..-120 град.

В В-ДНК на виток спирали приходится около 10 пар оснований и расстояние между нуклеотидами вдоль оси спирали составляет от 3,3 до 3,4 А. В результате у оснований наблюдается лишь небольшой отрицательный наклон -6 град. Эти характеристики и определяют макроскопическую структуру В-ДНК, представленную на Рис. B-ДНК .

Пары оснований расположены на оси спирали (смещение от оси около -0,2 А). Так как ось спирали проходит через пары, поэтому желобки менее выражены, чем в A-ДНК . Их глубина примерно одинакова, но ширина различается (Таблица): минорный желобок узкий, а главный желобок - широкий и открытый.

В Таблице даны параметры спирали В-ДНК, полученные из данных по рентгеновской дифракции на волокнах природных ДНК со "случайной" последовательностью и на волокнах синтетических гомополимеров и полинуклеотидов с повторяющейся нуклеотидной последовательностью ( Зенгер В., 1987 ).

Таблица

Тип структуры Шаг, АРасстояние между остатками, А Угол спирального вращения,град.
Ширина Глубина
желобков,А
минорного главного минорного главного
Природные и синтетические ДНК В

Синтетические ДНК с неслучайной последовательностью В'

33,8

32,9

 3,38

3,29

 36,0

36,0

5,7 11,7 7,5 8,5
  В волокнах при высокой влажности и в водных растворах ДНК находится в В-форме, принято считать, что именно эта форма отвечает состоянию нативной ДНК в клетке. Ниже приводятся примеры синтетических полинуклеотидов, находящихся в В-форме в указанных экспериментальных условиях:
Полинуклеотид.  Нативная ДНК  Противоион *** Форма Ссылка,
Na 92 В [Langridge R. ea, 1960]
Li 66 В [Leslie A.G.W. ea, 1980]
Poly(dA)*poly(dT) Na 70 beta-B' [Arnott S. and Hukins D.W.L., 1972]
Poly(dA)*poly(dT) Na 92 alfa-B' [Arnott S. and Hukins D.W.L., 1972]
Poly(dG)*poly(dC) Na 92 B [Arnott S. and Selsing E., 1974]
Poly(dA-dT)*poly(dA-dT) Li 66 B[Davies D.R. and Baldwin R.L., 1963]
Poly(dA-dC)*poly(dG-dT) Na 66-92 B [Leslie A.G.W. ea, 1980]
Poly(dA-dG)*poly(dC-dT) Na 95 B [Leslie A.G.W. ea, 1980]
Poly(dG-dC)*poly(dG-dC) Li 81[Leslie A.G.W. ea, 1980]
Poly(dA-dA-dT)*poly(dA- -dT-dT) Na 92 B [Selsing E. ea, 1975]
Poly(dA-dG-dT)*poly(dA- -dC-dT) Li 98 B [Leslie A.G.W. ea, 1980]

*** - Относительная влажность, %

Ссылки:

Все ссылки