A-форма ДНК
A-форма ДНК - спиральная конформация молекулы ДНК , которую она принимает в волокнах ДНК при низкой относительной влажности или в растворах с низкой активностью растворителя. В этой форме находится в обычных условиях двойная спираль РНК , так как дополнительная гидроксильная группа сахара не дает возможность в этом случае уложить сахаро- фосфатную цепь РНК в B-спираль . Как и B-форма, эта структура является правой спиралью.
А-ДНК - единственная представительница А-семейства. В этой форме ДНК на виток спирали приходится 11 пар оснований. Период спирали в спиртовых растворах близок к этой величине. Расстояние между нуклеотидами вдоль оси спирали составляет 2,56 А. Пары оснований в A-ДНК, так же как и в B-ДНК, почти плоские, но в этой форме они наклонены на 20 град. относительно перпендикуляра к оси спирали и смещены относительно оси на 4,7 А, так что ось попадает в главный желобок . Это приводит к появлению полости в центре структуры; кроме того, главный желобок становится глубоким , а минорный желобок - мелким. Сахар у А-ДНК находится в С3'-эндо-конформации, а не в С2'эндо-конформации как в случае всех других модификаций ДНК. Иная, чем в B-форме, конформация сахара свидетельствует о том, что конформации A- и B- спиралей разделены энергетическим барьером. Ориентация сахара и основания относительно С1'-N- гликозидной связи также отличается: у двойных спиралей А-типа торсионный угол вращения относительно гликозидной связи лежит в области -an(-160 град).
| Таблица. Средние параметры олигонуклеотидных спиралей А-типа и спирали А-ДНК ( Shakked Z. and Kennard O., 1983) | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| Олигонуклеотид | Угол спирального вращения град | Расстояние между парами вдоль оси спирали А | Угол наклона оси спирали град | Смещение D | Ширина желобков A минорного/главного |
|
| d(GGTATACC) | 32,2(1) | 2,87(1) | 13,5 | 4,0 | 10,2 | 6,3 |
| d(GGCCGGCC) | 32,6(3) | 3,03(4) | 12,0 | 3,6 | 9,6 | 7.9 |
| A-ДНК | 32,7 | 2,56 | 20 | 4,5 | 10,9 | 3,7 |
Вандерваальсова ширина желобков равна расстоянию между фосфатами минус 5,8 А.
Cтруктура А-ДНК представлена на Рис. A-ДНК .
